En absoluto Hugo, no le provocas el menor daño ni a tu bajo (por que la señal procesada por los efectos sale después de él) ni al equipo ya que no hay el menor cambio en las propiedades físicas de esa señal (impedancia, voltaje, intensidad, etc).
El único pero es que el sonido de esos efectos diseñados para guitarra quizás no te convenzan con tu bajo ya que fueron creados para un instrumento con otra respuesta de frecuencia más rica en medios- altos y no tan graves como la señal de un bajo eléctrico. De todas formas es muy habitual usar cualquier tipo de efecto con instrumentos distintos para lo que fueron originalmente concebidos, eso te abre una puerta a explorar distintos timbres y es muy enriquecedor para tu sonido.
Sin ir mas lejos yo utilizo una misma pedalera con efectos diseñados para ambos instrumentos (y algunos para teclados) con excelentes resultados tanto con la guitarra y el bajo e incluso para procesar la voz.
Si a ti te gusta como suena es todo por lo que debes preocuparte.
