Aparte de un programa secuenciador o de notación, necesitas algo que convierta la señal de audio de tu bajo a información MIDI.
Hay algunas cosillas baratas, como el Sonuus, que lo pueden hacer, si tocas despacito y con mucha mesura para que no pille extraños.
También hay pastillas especializadas que van a un módulo externo que hace el muestreo y la conversión (por ejemplo, los sistemas Roland GR). No los he probado más que en guitarra, son relativamente fiables.
El último cacharrín de Boss (SY-300) parece que hace la conversión sin pastillas especiales, pero tampoco lo he probado.
Finalmente, había bajos MIDI, que ya tenían una salida, pero son raros.
Si lo que quieres es transcribir líneas sencillas, mejor usa el ratón y/o un teclado, aunque algún cacharro tipo Sonuus puede que te funcione para cosas muy básicas.
Si pretendes hacer un slap salvaje o unos solos con tapping, acordes o coasa así, y que aparezca automáticamente en una partitura, olvídate. A día de hoy, tecnológicamente eso no es posible, hasta donde yo se.
En mi "revista" tengo un artículo en el que se trata un poco más el tema:
http://laclavedefa.net/porque-considera ... ss-sy-300/