Tienes que tener muy buen oído. La pega es que en las frecuencias muy graves, tocando con un grupo con caña, es muy difícil distinguir si una nota está unos cents alta o baja. Es como cuando tienes la cuerda mi un poco desfianada y nadie se da cuenta (que pasa, créeme)
Un truco es intentar dar todas las notas al aire que puedas, que son las que se supone que están siempre bien afinadas, así en un pasaje en el que des varias notas, si una de ellas está al aire (o un armónico) te servirá como referencia para las que tantees.
De esto saben mucho los violinistas, chelistas, y demás, que nunca han conocido el maravillosos mundo de los trastes
Y otra cosa, si practicas solo y no tocas nada al aire, es posible que todo te suene bien , pero todo esté un poco alto o bajo, así que también es recomendable practicar sobre una base que marque la armonía.
Esto al menos al principio, luego cuando te acostumbres al sonido y a las posturas de mano izquierda, entonarás cada vez mejor.
Lo que yo no me explico es cómo hay gente que es capaz de tocar acordes y dar afinadas las distintas notas... son unos monstruos (y sus bajos seguro que también).