Hola, te refieres a tener el programa de turno abierto (Amplitube o alguno de esos) y grabar ya lo que suelta ese programa?
Si es así, es una opción válida pero menos versátil, con sus pros y sus contras. En su contra está que según lo grabas se queda, es decir, si a la hora de mezclar crees que le sobra saturación o no se nota el flanger tan guapo que has metido, no puedes modificarlo.
A su favor, cada efecto que metes está consumiendo recursos de tu ordenador. Algunos consumen muy poco, otros, como algunas reverbs, consumen una barbaridad. Si los efectos ya están aplicados, en el momento de la mezcla no tiene que estar aplicándolos el DAW (Digital Audio Workstation = Cubase, Logic, Reaper, etc...), ahí está el ahorro de recursos.
Aún así, creo que es mejor utilizar los efectos como Plugin VST en el DAW de turno. Puedes modificar las configs en cualquier momento y, si ves que tu pc no puede con ello en algún momento, puedes generar alguna de las pistas que tengas seguras ya con sus efectos, los programas tienen esta opción aunque ahora mismo no se como se llama (será Render o algo así). Asi guardas la limpia también, por si las moscas.
Aunque me he extendido bastante, es una idea muy simple realmente
Edito: al volver a leerte, Biker_floyd, te he entendido de otra forma. Si te refieres a guitarra -> pedales -> ampli -> pc, por supuesto que funciona. Ahí, claro, se entraría en cuestiones de si el efecto suena bien o no por línea, la calidad del micro, etc. Dependiendo de eso, puede sonar mejor lo que metas antes de grabar, o lo que metas a posteriori... si suena bien, perfecto jeje. Creo entender que Javi ha grabado a pelo por línea, por eso me fui por la otra opción, posiblemente más enrevesada.